Prolog

Mija kilka lat po czwartej wojnie shinobi. Zostaje powołana pewna organizacja o nazwie Kuroyuri (Czarne lilie) do której należą wyłącznie kobiety o nieprzeciętnych umiejętnościach. Grupa zajmuje się wykonywaniem zadań dla różnych wiosek( jednak jest to, jak się później okazuje wyłącznie przykrywka) .Prawdziwym celem organizacji jest wskrzesić  kilku dawnych członków Akatsuki

i razem z nimi powstrzymać Sasuke, który ponownie próbuje zniszczyć na świecie panujący porządek. Liderką grupy jest niejaka Akane Kuroihana.